Il Perù, con un’estensione di 1.285.216 km² è il terzo Paese del Sud America per grandezza del territorio (dopo Brasile e Argentina). Confina con l’Ecuador e la Colombia a nord, il Brasile a est, la Bolivia a sud-est, il Cile a sud, e l’Oceano Pacifico a ovest. La Cordigliera delle Ande corre parallela all’Oceano Pacifico, e separa le tre regioni tradizionalmente utilizzate per descrivere geograficamente il paese. La Costa, a ovest, è una stretta pianura, in gran parte arida, con l’eccezione delle valli create da fiumi stagionali. La Sierra è la regione delle Ande, costituita da altopiani con vette che superano spesso i 6000 metri di altezza (come, ad esempio, il monte Huascarán, che raggiunge i 6768 m). La Selva è formata da un vastissimo bassopiano che è attraversato da grandi fiumi (Marañón, Ucayali) che danno origine al Rio delle Amazzoni; questa regione, dal clima caldo e umido, è ricoperta da un manto di foreste impenetrabili, ed è la zona meno abitata del Perù (meno di 1 abitante per chilometro quadrato).
In questo tratto le Ande centrali raggiungono il massimo della loro larghezza con diverse dorsali montuose che corrono parallele. Le Ande centrali si estendono dal nudo de Pasto al Nevado Tres Cruces, in Cile. Comprendono gran parte di quello che attualmente è il Perù e sono considerate la zona centrale delle Ande dove si sono avuti i più elevati livelli di sviluppo economico e sociale. Le montagne sono disposte in due catene separate dall’altopiano andino. La vetta più alta della regione è il Monte Huascarán (6768 m) e, nella zona cilena, il nevado Ojos del Salado (6891 m). Si formano due grandi laghi, il Titicaca ed il Poopó. Le mesetas interne formano le pianure boliviane. Il clima è caldo arido ed il bioma dominante è il deserto. La popolazione è concentrata soprattutto nell’altopiano e lungo le coste.
Il Perù contiene il 3,7% dell’acqua dolce totale del pianeta. I maggiori bacini idrografici sono tre; il bacino del Rio delle Amazzoni, che scorre a est delle Ande, il bacino del Pacifico, dove scorrono fiumi che nati dalla Cordigliera scorrono a ovest verso il Pacifico, e la conca del Lago Titicaca, al confine con la Bolivia. Il Titicaca è il secondo lago più vasto dell’America meridionale, nonché il più alto lago navigabile del mondo (3800 m s.l.m.).