Malta è un arcipelago situato nel cuore del mar Mediterraneo. Solo le tre maggiori isole, ovvero Malta, Gozo e Comino sono abitate. Il territorio di Malta emerge dalla piattaforma continentale sottomarina sicula, la quale fa parte della placca africana. La porzione sommitale è costituita da rocce sedimentarie.
Nella parte occidentale e meridionale dell’isola di Malta le coste sono alte e accidentate (le scogliere di Dingli s’innalzano a più di 240 m sul livello del mare). Nella parte orientale e settentrionale la costa è accessibile: si aprono ampie spiagge sabbiose o rocciose e numerose sono le insenature, solchi vallivi simili a rías. A est le baie più ampie e profonde sono quelle di Melleha, San Paolo, St. Julian’s, Marsamuscetto e Porto Grande (tra queste ultime due, separate dal promontorio di Monte Sceberras, sorge il porto della Valletta), a sud vi è la baia di Marsa Scirocco.
Il suolo è roccioso, anche se coltivato grazie al sistema dei terrazzamenti con muretti a secco (hitan tas-sejjieh). Il rilievo, costituito da altopiani calcarei, è poco elevato (Ta’ Dmejrek, 258 m), ed è caratterizzato da formazioni di origine carsica, come campi carreggiati, caverne e grotte. Tra queste ultime, le più note nell’isola di Malta sono la Grotta Azzurra, il Għar Dalam (Caverna Oscura) in cui furono rinvenuti resti di specie risalenti a 170 000 anni fa e ormai estinte, come elefanti e ippopotami nani e nell’isola di Gozo la grotta di Calipso.
Non vi sono laghi e fiumi permanenti, anche se nei pressi dei villaggi rurali di San Martin, Mtahleb e Bahrija (Malta) e in Wied Lunzjata (Gozo) scorrono dei corsi d’acqua tutto l’anno. Tra gli uadi principali abbiamo il Il-Wied-tal-Fiddien, che forma i laghi Chadwhick.
L’acqua isolana comunque non riesce a soddisfare il fabbisogno della popolazione, per questo vi sono sei impianti di desalinizzazione marina, di cui due sempre funzionanti e quattro di riserva strategica.